Đêm 20 tháng 8 năm 2008, Đài Phát thanh Truyền hình Gia Lai chiếu phóng sự "Phim Linh hồn Việt cộng - một nửa sự thực ở đâu?" nêu ra những tình tiết được cho là không đúng sự thật trong Linh hồn Việt Cộng. Nhà báo Huy Cường — trưởng phòng biên tập Đài Phát thanh Truyền hình Gia Lai — cho rằng chi tiết tìm hài cốt liệt sĩ Đảm tại "điểm cao "467" cách nghĩa trang thị xã Ayun Pa 100 m về phía bắc" không đúng, thực tế cao điểm 467 là một đống xỉ nhựa đường và một dải đất sát quốc lộ 25 thuộc xã HBông — cách thị xã Ayun Pa hơn 30 km. Các bối cảnh còn lại trong Linh hồn Việt Cộng cách thị xã Ayun Pa hơn 150 km về phía đông bắc — khu vực đường lánh nạn số 1 đèo Mang Yang thuộc quốc lộ 19, từ đó đặt câu hỏi khiêng hài cốt từ đồi 467 đến một địa điểm khác cách đó trên 150 km. Linh hồn Việt Cộng bị cáo buộc chi tiết tiểu sành đặt bên hài cốt có chiều cao lớn hơn tiểu sành mang xuống núi, không có hình ảnh bốc mộ, lọ Penicillin lẫn trong hài cốt không có hình ảnh mà chỉ có lời bình.[11] Ngô Thị Ngọc Phú — Trưởng phòng Lao động Thương binh xã hội thị xã Ayunpa — không ghi nhận hoạt động bốc mộ trong thời gian thực hiện phim, ngôi mộ vô danh tại nghĩa trang Ayun Pa được cho là của liệt sĩ Đảm vẫn nguyên vẹn.[11][12]

Đạo diễn Minh Chuyên khẳng định gia đình liệt sĩ — anh Diệu, anh Lượng, anh Cát, cô Tươi — đã gặp Ngô Thị Ngọc Phú và được giới thiệu gặp quản trang Minh của nghĩa trang Ayun Pa, gia đình liệt sĩ đến Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Gia Lai báo cáo sau khi hoàn tất lễ cất bốc hài cốt, gia đình liệt sĩ đã chụp 10 bức ảnh trong các buổi làm việc. Đạo diễn cho biết phim không có cảnh bốc hài cốt vì "vấn đề nhạy cảm và đau lòng cũng như tri ân giữa con người với con người", phim chỉ ghi hình ảnh đào ở khu vực, không đề cập chi tiết ai đào và quá trình đào, chi tiết tiểu sành do gia đình liệt sĩ muốn dùng hộp bìa cứng để di chuyển thuận tiện. Minh Chuyên lý giải hài cốt được đào tại Ayun Pa, trong khi Ayun Pa không cho phép người Mỹ tạm trú và địa điểm làm lễ được ghi hình tại địa điểm cựu binh Homer Steedly khẳng định tử chiến với Hoàng Ngọc Đảm; đạo diễn cho rằng gia đình liệt sĩ bốc được hài cốt là điều quan trọng nhất.[12]

Dương Đức Quảng trên báo Công an nhân dân cho rằng Linh hồn Việt Cộng có chi tiết sai sự thật khi chiếu trên phim thông tin "cựu binh Frederic Whitehurst — người đã trao lại Nhật ký Đặng Thùy Trâm cho gia đình chị — đã cùng đồng sự bắn chết bác sĩ Đặng Thùy Trâm."[3] Linh Trần trên báo Người lao động nghi ngờ thông tin "Thái Thuỵ" chứa trong lọ Penicillin trong Linh hồn Việt Cộng ghi "Hoàng Ngọc Đảm, C2, D67, xã Thái Giang, Thái Thuỵ, Thái Bình", bài báo lập luận khi Hoàng Ngọc Đảm tử trận ngày 18 tháng 3 năm 1969 thì quê nhà liệt sĩ khi đó là "xã Thái Giang thuộc huyện Thái Ninh", huyện Thái Ninh và Thuỵ Anh hợp nhất thành Thái Thuỵ vào ngày 17 tháng 6 năm 1969 — ba tháng sau khi Hoàng Ngọc Đảm tử trận — câu hỏi đặt ra vì sao liệt sĩ Đảm biết trước sẽ được đổi tên.[13] Nhà ngoại cảm Phan Thị Bích Hằng cho rằng đạo diễn tự đưa lọ Penicillin vào phim, đạo diễn Minh Chuyên xác nhận có lọ Penicillin nhưng không biết nguồn gốc.[10][13] Đình Nguyên trên báo Tiền Phong đặt câu hỏi vì sao đội quy tập mộ phần không phát hiện ra lọ Penicillin chôn theo liệt sĩ Hoàng Ngọc Đảm để xác định tên tuổi–quê quán tại nghĩa trang Ayun Pa trước đây, đồng thời nghi vấn tại sao nhà văn Minh Chuyên và gia đình liệt sĩ Đảm không báo với bộ phận quản trang cùng chính quyền địa phương Gia Lai để di dời mộ một cách hợp pháp mà chịu bị mang tiếng đào trộm mộ.[8] Trịnh Thanh Phi trên báo Tiền Phong cho rằng hiện vật không bảo đảm chắc đúng — phim không có hình ảnh lọ Penicilin, hài cốt đó có đúng của liệt sĩ Đảm — địa danh tử trận và phần mộ không thống nhất (khi thì đèo Mang Yang, khi thì Ayun Pa) cách nhau 150 km.[14] Báo Lao Động dẫn lời chia sẻ đội ngũ quy tập hài cốt khi cho rằng lọ Penicillin "không được mở ra ngay" vì ngày trước dùng mực cửu long nên dễ bay mực, chỉ nên mở trong phòng tối và không có gió. Lao Động dẫn giải lại chi tiết mảnh giấy bị nhòe mực khi mở lọ Penicillin có khả năng đã bị ngụy tạo.[15]